生物医药系设有药品食品检验、生物制药工艺、生物药物检验、药物分析与检验专业。其中药品食品检验专业是全国首批示范校重点建设专业，江西省"质量检验"特色专业群骨干专业，国家级高技能人才培养基地骨干专业；生物制药工艺专业是药品食品行业协会重点建设专业，生物药物检验专业为行业企业紧缺专业。药物分析与检验专业为四年制高级工专业。
生物医药系以产教融合为平台，注重内涵发展和教育教学质量提高，在全体师生的不懈努力下，近三年，获批省级名师工作室2个、省级职业技能竞赛培训基地1个、省级教师创新团队1支，培养省级技术技能名师2名，获省级教学成果二等奖1次。近几年学生在国家级比赛中获一等奖3人次、二等奖7人次、三等奖9人次，在省级各类比赛中屡获佳绩。
